Phương pháp giảng dạy tại học viện Phật giáo Việt Nam được xây dựng dựa trên nguyên tắc sáng tạo và tương tác nhằm gia tăng sự hứng thú và hiệu quả tiếp thu kiến thức của học viên. Thay vì chỉ truyền thụ lý thuyết một chiều, giáo trình kết hợp các hoạt động thảo luận nhóm, thực hành thiền định và nghiên cứu tình huống giúp học viên phát triển kỹ năng tư duy phản biện và áp dụng thực tiễn trong cuộc sống. Giảng viên tại học viện đều là những nhà nghiên cứu, tăng ni có kinh nghiệm lâu năm, vừa có trình độ học vấn cao vừa có khả năng truyền đạt truyền cảm hứng. Học viên được khuyến khích tự khám phá các giá trị đạo đức, văn hóa trong từng bài học để phát triển nhận thức toàn diện. Bên cạnh đó, việc sử dụng công nghệ trong dạy học cũng được quan tâm đầu tư như phòng học trực tuyến, tài liệu số nhằm tạo thuận lợi cho học viên ở khắp mọi nơi có thể tiếp cận nguồn tri thức phong phú từ học viện Phật giáo Việt Nam. Học môn này, sinh viên hiểu rõ nền tảng của thế giới quan Phật giáo, nhân sinh quan Phật giáo, triết học xã hội – chính trị Phật giáo, đạo đức học Phật giáo và giải thoát quan Phật giáo. Học viện Phật giáo Việt Nam được trang bị hệ thống cơ sở vật chất hiện đại đáp ứng tối ưu nhu cầu học tập và nghiên cứu chuyên sâu của sinh viên cũng như tăng ni. Phòng thư viện với kho sách kinh điển phong phú và các tài liệu nghiên cứu chuyên ngành hỗ trợ quá trình tìm hiểu sâu về đạo đức và triết lý Phật giáo. Bên cạnh đó, học viện chú trọng đầu tư vào các phòng học, giảng đường rộng rãi và trang thiết bị công nghệ hiện đại để nâng cao trải nghiệm học tập. Việc đảm bảo môi trường học thoáng đãng, thân thiện với thiên nhiên cũng là một điểm cộng giúp học viên duy trì sự tập trung và cảm nhận được giá trị thiền định trong quá trình học. Đặc biệt, học viện Phật giáo Việt Nam còn xây dựng các khu vực thực hành thiền, tạo điều kiện cho sinh viên trải nghiệm trực tiếp các phương pháp tu tập, góp phần phát triển toàn diện cả về kiến thức và thực hành. Những yếu tố này làm tăng tính chuyên nghiệp và uy tín của học viện trong lĩnh vực giáo dục Phật giáo hiện nay. Khi toàn bộ công trình xây dựng cơ sở Lê Minh Xuân được hoàn tất, đây là nơi tu học Phật học nội trú có quy mô của Học viện, đồng thời là môi trường ứng dụng, hành trì các pháp môn trong đạo Phật.
